旗舰分集介绍
第一集
战机横空划过，战舰编队航行。
旗舰作战室里的海军东江基地少将参谋长鲁淮成下达：向敌滩头阵地实施火力突击，为登陆部队开辟通道的命令。各舰万炮齐鸣，滩头阵地硝烟四起。水陆两用坦克前导，冲锋舟一字型排列，朝滩头战地冲去。
冲锋舟上的陆站队大学生学员郑远海、谢庭群、于季东等在教官陈建军的指挥下，在炸弹的爆破烟雾中，攻占海滩，朝丛林纵深搜索。
陆战队学员在丛林中与女兵侦察队展开了近战，郑远海在同陆战队女兵连一班长秦思婷的格斗中，夺过她的匕首，戏弄地朝自己大腿刺去，没料匕首是真的，由此受伤住院。在一系列遭遇战中两人不打不相识的成为了朋友。
在残酷的训练中，“魔鬼”教官陈建军不讲情面的严格执教，使学员又怕他，又恨他，郑远海与他发生冲突，认为他是军阀作风，没有人道，陈建军则让他放下大学生的“臭架子”，在训练中似乎跟他过不去，专给郑远海小灶伺候。
郑远海倔强和顽强的个性给鲁淮成深刻的印象，他嘱咐秘书，回基地后调郑远海的档案。
大浪淘沙，在严格残酷的训练中，大学生学员于季东终于支撑不住了，他不
顾老同学郑远海和谢庭群的劝阻，上交了离队申请回到地方，和来接他的林雪合
办了公司，走上了经商的道路。
第二集
郑远海的妹妹秀竹来到部队训练营地看望哥哥，洗衣服的谢庭群在小河边看
见了漂亮的秀竹，当他知道这是郑远海妹妹时，兴奋地与秀竹聊了起来。
三个月的新兵训练结束了，郑远海豪放地宣称自己的理想是当舰长，并认为
绝不会比现任的舰长差，鲁淮成喜欢这位有理想，有志气，甚至有些狂妄的年轻
大学生，他默默地看着抽屉里老战友的照片：郑冀啊，你的儿子来接班了！于是，
他开始了对郑远海特殊的励练。分配他到了基地养猪场工作。
郑远海万万没想到，自己报着当舰长的崇高理想，放弃了北大研究生来到海
军，不但没能上舰，还成了饲养兵。一心想留在陆地机关里工作的谢庭群却被分
到了基地的旗舰180上任见习导水长。两人都怀着不情愿的心态来到了各自的岗
位。
养猪场的饲养兵姜喜子是个老兵，他愤怒地制止了朝猪发泄不满的郑远海，
两个人从此开始了充满矛盾冲突和相互影响的生活。
谢庭群刚刚上舰，就赶上了出海值勤的任务，在波涛汹涌的大海上，他差点
把苦胆吐出来。他所在的180舰接到基地指挥部的指示，命令前往公海，解救正
被两艘外国军舰驱赶的台湾渔船，紧张的临战气氛，加剧了谢庭群的恐慌，他在
一旁观察着导水长陈建军沉着镇定地做着战斗准备。
这时，突然一艘不明国籍的潜艇突然从水里冒出来，拦住了180舰航行的方
向。
第三集
180舰警告不明国际潜艇，这是中国海军宣布的演习区域，请它离开，不明潜艇无视警告，继续阻挡180的航向。在不开第一炮的原则下，为维护我海军尊严，180舰朝不明潜艇冲去，较量中，不明潜艇终于在我舰逼近的威慑下下潜离去，在赶来增援的数艘舰艇的支援下，180舰解救了台湾渔船，外舰离去。
基地司令陈敬国亲自来到军港，嘉奖180舰的勇敢行动，并向军港告别，他将上调东方舰队任副司令，临行前他嘱咐儿子陈建军抓紧学习，迎接舰长的竞争。
沮丧无奈的郑远海把一切不满发泄在猪的身上，姜喜子严肃地谴责他这是损害军事财产，搞得郑远海哭笑不得。
心仪郑远海的秦思婷探亲回到中南市，顺便来到了郑远海家探望他的母亲许欣芳，在那里见到了也来探望的于季东。于季东对秦思婷情有独钟，他高兴的请秦思婷吃饭。
谢庭群来到猪场，向郑远海讲述了自己第一次出海的感受，更激起郑远海上舰的欲望。晚上，姜喜子给郑远海讲述了一个老兵坚守理想的故事，使他似乎悟道了鲁淮成让他到猪场是励练自己意志的真正意图，开始静心地搞起了科学养猪。
鲁淮成看到了郑远海进步，开始了第二步对他的考察，让他带队到深山里维护军事通讯线路的畅通，并不准带钱和干粮，考验他野外生存的能力。
第四集
郑远海的护线小组沿着军用线路在深山中行进，几天下来，负责伙食的姜喜子用聪明才智使大家吃着野菜野果，喝着是山泉小溪，包括烤熟的大蚂蚁。虽苦但没饿着。这天，姜喜子在山里发现了一头山羊，战士们高兴坏了，但郑远海严令不准把它弄死，要等老百姓上山来找。这下可把大家馋死了，他们只能拉着这头羊继续巡逻。
终于在一个悬崖边，山羊失足掉到了山涧摔死了，郑远海只得下令把山羊烤着吃了。大家欣喜若狂的刚吃完烤羊，一个小姑娘站在了郑远海身边，她坚持说这羊是她家的，要索赔。这下难坏了郑远海，他好言相说没钱，等护线任务结束了一定加倍偿还，但小姑娘说什么也不行，最后她哭着而去。
一天清晨，郑远海在丛林巡逻中，看见一个小伙子在欺负那个小姑娘，他赶上去一顿爆打，小姑娘赶紧拉住，说是自己的男朋友，郑远海惊讶地停住手，小伙子连滚带爬地逃下山。
郑远海后来才弄清，这个小姑娘叫梅杏儿，在县成上高中，放假回来帮她爹放羊，顺便复习功课，准备明年的高考，那个小伙子叫柱子，她爹为了供她上学，找柱子家借了钱，并承诺把梅杏儿将来嫁给柱子。郑远海惊讶地看着梅杏儿，告诉她这事要自己做主。并劝她报考军校，这样很多费用可以国家负担。梅杏儿感激地看着这个解放军大哥。
基地为了考核陈建军，专门安排他以舰长身份指挥一次实弹演习，谢庭群为了巴结陈建军，从基地作战处的一个老乡处打听到了标靶的位置，悄悄地告诉了他，结果陈建军准确无误地击中目标。但最后陈建军诚实地告诉了鲁淮成，自己这次打靶算作弊，请求处分。鲁淮成其实心中有数，就看陈建军能不能自己承认错误，现在他不但没有给他处分，而且同意送他到舰艇学院参加舰副长班的学习。
郑远海很好地完成野外护线任务，当鲁淮成来接他们的时候，看见了送行的梅杏儿，他仿佛看见了自己丢失了十多年的女儿。
第五集
鲁淮成给陈建军下达命令，在上学之前，完成对海风导弹的自动化指挥控制系统。陈建军觉得自己解决这个问题难度太大，他想到了大学生郑远海，于是，郑远海兴奋地来到了自己朝思慕想的舰艇上。
心胸狭窄的谢庭群对陈建军请来郑远海，只让自己负责郑远海生活，而心怀醋意。几天下来郑远海出色的完成了控制系统的数据计算，陈建军对他大加赞赏，并答应他跟舰实施海风导弹的实弹射击。在郑远海准确的数据提供下，海风导弹试射成功。
生意做得不错的于季东来到东江，说是来谈合同，顺便看看老同学，实际上是想见见秦思婷，三个同学自分手后再次聚到了一起，喜欢秦思婷的于季东劝她复员和自己一起办公司，郑远海则劝她不要离开部队，希望她报考军校。
鲁淮成暗暗地喜欢着郑远海，他没有让郑远海看出自己已经知道他是去世老战友的儿子。他开始了对郑远海培养的第三阶段，命令他读书几个月，报考舰艇学院的研究生，考不上永远不许上舰。郑远海无奈地离开自己刚刚登上的舰艇，回到了陆地宿舍，开始了枯燥，单调的复习生活。
苦尽甘来，郑远海终于以优异的成绩考取了舰艇学院的研究生。
心仪郑远海的秦思婷也追随着他，报考了军医大学，他们又相聚到了一个城市。
梅杏儿受到当年郑远海的鼓励，也报考了军医大学，父亲梅得贵得意地和柱子把她送到了省城，正好和秦思婷分到一个班，秦思婷是她的班长。
