旗舰分集剧情
第六集
舰艇学院读研究生的郑远海，在一次海上测量课时，为了使水上测量数据更为准确，擅自将测量艇开出教学规定的范围以外，结果与一条渔船相撞，致使渔船撞翻，渔民落水手臂骨折。
学院对郑远海提出停课检查，听候处理的决定，郑远海悔恨自己的冒失，他来到医院探望受伤渔民，但被赶出了病房，他无奈地在一个餐厅独自喝酒，寻来的秦思婷发现了他。严厉制止了郑远海借酒消愁的行为。
于季东闻讯，带着钱赶到省城医院，但受伤渔民不要钱，他要求舰艇学院免考招收自己儿子入学，不然就要求学院将郑远海除名。
舰艇学院对受伤渔民的前一个要求无法接受，只能考虑把郑远海出名了，陈建军紧急报告基地，鲁淮成赶到舰艇学院，拜见了自己的老同学，舰院院长，强调郑远海是个不可多得的人才，希望学院能网开一面，并亲自到医院慰问受伤渔民，最终受伤渔民同意收回条件，事情圆满平息。郑远海得以继续自己的学业。
一天，舰艇学院研究班和军医大学女学员一起完成一次海上救护的演练。郑远海和梅杏儿被分配到一艘救生艇上，两人相见分外惊讶和兴奋，以至怠慢了演练的任务，当秦思婷在另外一条救生船上招呼他们，两人才醒过神来，这时别的学员已经将海上置放的假伤员都收到自己的艇上，只剩一具假伤员远远漂在海上，郑远海和梅杏儿决定不管多远也要把“伤员”救上来。他们朝远处划去。
岸边，教官对郑远海不放弃一个战友，伤员的行为表示赞赏，大家休息等待。
海上，那具“伤员”越漂越远，橡皮艇上的郑远海和梅杏儿奋力朝“伤员”划去。
岸边，秦思婷有些不安地看着海上远远的小点。
第七集
郑远海和梅杏儿终于将“伤员”抬上橡皮艇，这时，他们离海岸已经很远了，梅杏儿有些恐惧地看着黑云压城的大海告诉郑远海，听说有鲨鱼在这一带出现，郑远海告诉她，救生衣下面有防鲨装置，可以躲避鲨鱼的侵袭。
岸边，人们已经看不见海面上的橡皮艇了。秦思婷听说今天傍晚有暴风雨，更是担心起来。
在郑远海和梅杏儿准备往回划的时候，鲨鱼出现了，它朝他们冲了过来。
晚上，海上几艘舰艇开着探照灯在寻找。
郑远海和梅杏儿的失踪，惊动了舰艇学院和军医大学的领导，双方领导开始布置了紧急寻找方案。
清晨，一个荒岛的沙滩上，梅杏儿醒来，她看着这陌生的环境，哭了起来，郑远海则安慰着她，他拿出医药箱里面的放大镜，利用阳光点燃了篝火，利用针头和鞋带在礁石旁钓起了鱼。篝火旁，两人吃着烤鱼，畅谈着天上的星星，彼此都产生了喜爱。
就这样，郑远海开始用自己曾经野外生存过的经验实践了小岛生存，经过经过了三天三夜，他们终于被海航的直升飞机发现。
心情焦急，不吃不喝的秦思婷看见他们平安的返回时，激动地扑向郑远海，把他紧紧抱住，她这时才感到自己深深地爱着郑远海。
怀才不遇的谢庭群听说陈建军的父亲是他的老乡，提着两瓶药酒，以老乡的身份来到了陈敬国家，使得陈敬国对他颇有好感。
郑远海两年研究生毕业回到基地，满心欢喜地以为可以上舰了，但鲁淮成将一堆书放在他面前，命令他一年内熟练地掌握法语，郑远海呆了。
第八集
郑秀竹和郑远海的大学同学马一凡在东江基地旁边开了一个军迷吧，把许欣芳也从中南市接了过来，终于一家三口团圆了。郑秀竹把自己的男朋友潜艇学院毕业分到基地的南克江介绍给了哥哥郑远海，两个年轻人发出誓言，水下水上齐头并进，为中国海军的强大贡献青春。
谢庭群经过钻营，终于接替已经荣升副舰长的陈建军当上了导水长，他来到军迷吧，见到了心中一直喜爱的秀竹，从此这里他成了长客。
郑远海来到180舰上，缠着陈建军，叫他想办法把自己要到舰上来工作，陈建军也希望郑远海来帮助全舰提高文化素质，为自己将来竞争旗舰舰长打好基础，于是从来不求父亲帮忙的陈建军回到家，恳请陈敬国向鲁淮成打招呼，终于把郑远海要到了180舰，担任了航海长。
欣喜若狂的郑远海全没想到，迎接他的是翻江倒海的呕吐。他清楚的意识到，要想实现自己当舰长的理想，就必须闯过这一关，倔强的郑远海利用各种手段和办法，终于克服了晕船现象。
在郑远海的鼓动下，陈建军把姜喜子也要到了180舰上，利用业余时间研究声纳的姜喜子终于有了用武之地。
柱子来到省城，以梅得贵借钱不还为由，要求梅杏跟他回去结婚，梅杏儿不肯，于是柱子在军医大学的门口拿着喇叭打闹，惊动了学校领导。
梅杏儿面临着学校的除名。
第九集
秦思婷叫来了对她有求必应的于季东，帮梅杏儿还了她父亲借柱子家的钱，同时求副市长的父亲给学校打招呼，事情终于平息了，梅杏儿深深地感谢秦思婷，两人成了好姐妹。
186新型驱逐舰就要列装，鲁淮成要求所有候选人撰写一篇关于海上高科技战争的论文，这可把不文化水平不高的陈建军难坏了，在与郑远海沟通后，两人达成默契，陈建军出论点，郑远海出论据并执笔一起来写这篇论文。
论文很快地写出来了，送论文到基地的谢庭群看见论文上有郑远海执笔的字样，觉得很不妥，为了帮陈建军竞争新驱舰长，他擅自将郑远海的名字删掉，并劝郑远海向陈建军道歉。
鲁淮成看了论文很赞赏，作为样板将论文下发全基地学习。正直的陈建军发现后，严厉的斥责谢庭群，并主动向鲁淮成承认，论文是和郑远海两人合作，是自己一时糊涂删去了他的名字，陈建军的坦诚得到了鲁淮成的谅解。
结果，在陈建军和郑远海相互道歉过程中产生了误会，成了两人的过节。
在我领海线内，再次出现不明国籍的潜艇，180舰奉命前往追赶俘获。为了提前赶到不明潜艇前面进行拦截，最快的办法就是穿过八号“死亡”海域，郑远海拿出父亲留下的老海图和当年有关的海况资料，力主穿越，陈建军则认为这样太危险，反对穿越。最终基地同意了郑远海的方案，180舰开始了对八号海域的冒险穿越。
但终因对海况缺乏现实的了解，180号触礁，舰艇受损，舰队派来调查组，了解事故情况，180舰主要干部面临着舰队的处罚。
征服八号“死亡”海域，成了鲁淮成的一块永远的心病。
第十集
鲁淮成为此向舰队写了自己承担一切责任的报告，后经舰队调查组核查，认为180舰的受伤情况够不上重大责任事故，由基地自行处理。但这更加强了郑远海征服八号“死亡”海域，完成父亲未完成的事业的决心。
一艘渔船触礁，180舰接到基地命令，前往救援。由于礁石很多，舰艇无法靠近站在礁石上等待救援的船员，只能小艇靠近，郑远海不顾陈建军的命令，毅然跳上小艇，朝落海船员开去。由于小艇超员，陈建军只身留下，命令郑远海带小艇回舰，郑远海又一次违反命令跳到了陈建军身边，两人站在即将在涨潮中淹没的礁石上，相互吐露真心，彼此消除了误会。
186新型驱逐舰终于停靠在东江基地的码头，郑远海接到鲁淮成让他下舰的命令，他满以为是调到新驱上去，可没料到鲁淮成这次是让他彻底下舰攻读法语。郑远海又开始了顽强的攻读，一个月后，在总参组织的陆海空考官面前，郑远海用流利的法语通过了考试，即将成为远赴法国三军防务大学留学的博士生。
临行前，郑远海很想告诉鲁淮成自己是他老战友郑冀的儿子，鲁淮成制止了，告诉他，出去好好学习，将来当了舰长，再把心里话说出来。郑远海默默地向乘车离去的鲁淮成行礼。
郑远海肩负着鲁淮成的希望，带着母亲的嘱托飞向法国。
秦思婷和梅杏儿即将毕业，她们怀着各自对郑远海的爱恋，都把志愿填写到了海军东江基地。
