第二十一集
顺治亦将四十二章经的秘密告诉康熙，叮嘱他要做个好皇帝，便跟着玉林大师离去，康熙含泪目送父亲。
康熙在殿内参拜时，却遭来九难刺杀他，幸得小宝舍命相救，被九难劫走。小宝为了脱身，再次利用刺杀鳌拜之事说服九难。适逢每年三月都是明崇祯的死忌，于是九难便带小宝去京城，上煤山拜祭崇祯。
康熙未能找到小宝下落，怒责多隆和张康年，要多隆留下继续寻找韦小宝下落。启驾回京。
韦小宝带九难来到皇宫，九难没想到竟碰上昔日的宫女陶红英，原来九难师太就是长平九公主。陶红英将四十二章经的事情告诉了九难。九难入慈宁宫探个虚实。
第二十二集
九难逼问太后说出四十二章经的秘密，二人更大打出手，九难将太后的化骨绵掌尽数转移到她身上，太后为了自救，说出她不是真皇后，她是明代后人毛东珠，真太后已被她软禁。
九难和小宝又得到了建宁公主从康熙那儿偷来给太后一本四十二章经，九难仔细揣摩，发现四十二章经的封面内藏有细小羊皮，必须集齐八本才能并出完整地图，才能破得大清龙脉。
九难带着小宝来到崇祯陵墓，韦小宝没想到竟和阿珂在这里又相见了，还是九难师太的徒弟，韦小宝故意装做无辜可怜让阿珂责骂，九难看阿珂得寸进尺，制止阿珂来维护小宝，令阿珂非常生气。
小宝重遇阿珂开心不已，还说要娶她，令阿珂对他非常痛恨。阿珂三番四次被小宝轻薄，转告九难又被她责骂。阿珂骗取小宝替她摘取河中荷花，韦小宝跳入水中为阿珂摘花，露头时却见阿珂一把剑指着他，韦小宝使坏将阿珂拉下水中。
九难却因经书遭来喇嘛的追杀，韦小宝和阿珂赶回客栈，看到众喇嘛围攻九难师太，九难不敌，幸得小宝略施小计刺死三名喇嘛，不过九难已身受重伤。韦小宝带阿珂、九难逃走，在途中巧遇阿珂的朋友郑克塽，郑克塽说自己是台湾郑家二公子，更邀请九难共同赴河间府出席“杀桂”大典。九难答应和他一路同行。
第二十三集
巴颜追到酒馆发现九难伤势还未复原，要她交出四十二章经，郑克塽出面却被巴颜一掌打飞，韦小宝看到阿珂的心上人出丑，乐在其中，大展妙计，收卖酒保，将蒙汗药撒在酒中
乘机逃走。躲进了草垛之中，韦小宝捉弄郑克塽却被赶来的巴颜抓住，阿珂出面相救郑克塽，韦小宝无奈只好为了阿珂出面和这群喇嘛玩起了智斗，这群喇嘛败在小宝手下，小宝戏弄喇嘛，将空皮四十二章经撒上化尸粉扔给喇嘛，喇嘛中计被化尸，巴颜抱着空经书离去，九难感激小宝让她避过了这一劫，小宝为求接近阿珂，趁机请九难收他为徒，九难欣然答应。
郑克塽带着阿珂去参加“杀桂”大会，却让韦小宝不开心，九难师太看出韦小宝的心事，带他到树林中传授武功“神行百变”。
第二十四集
韦小宝跟踪郑克塽和阿珂，却被阿珂责骂，韦小宝痛狠郑克塽之极，但无能为力，碰巧遇见来找他的多隆和一群侍卫，韦小宝借多隆之手痛打郑克塽，又乘机卖弄英雄救美的本事。
让郑克塽受尽皮肉之苦，也在阿珂面前出尽丑像，可阿珂对郑克塽仍就不死心，这让韦小宝伤透脑汁。
韦小宝又碰上沐王府的吴立身，编取谎言诽谤郑克塽对天地会不利，要吴立身为他出气，吴立身召集附近村民拦截郑克塽的去路，诬陷郑克塽非礼农家女孩，要郑克塽讨个公道，娶这个农家丑女为妻，吴立身将郑克塽押回村中，演了一出“高老庄成亲”的戏中戏，让阿珂哭笑不得。
第二十五集
阿珂被迫在乡民的撮合下和韦小宝成了亲，郑克塽师傅冯锡范赶来救出郑克塽，一切真相大白，让韦小宝很难堪，阿珂知道是韦小宝所为，更憎恨韦小宝。九难得知怒嘱小宝、阿珂不得再与郑克塽来往，并与二人回京。
韦小宝受九难之托回宫打控虚实，多重身份的韦小宝也让自己很为难。韦小宝把死里逃生的经历讲给了康熙听，把罪责都推在吴三桂的身上，提议借他人之手铲除吴三桂。这也正和康熙之意，韦小宝带康熙借意搜太后寝宫，正好撞上来找假太后偷情的神龙教瘦头陀，瘦头陀带毛东珠落荒而逃，真太后获救。韦小宝也乘机取走了瘦头陀留下的一本四十二章经。
韦小宝来到天地会据点马棚取经书时，碰到了冯锡范和郑克塽为难师父陈近南。韦小宝躲在棺材中等待时机。
第二十六集
冯锡范污蔑陈近南背叛郑王并下手暗算，韦小宝见师父陈近南不敌，暗中撒出石灰粉吓退锡范，将郑克塽关在棺材之中，天地会人劝总舵主陈近南及早脱离郑家及两公子之斗争。陈近南不服，要去台湾和郑王说个理，打开棺材时却发现郑克塽不见了，天地会关安基死在棺材之中。韦小宝取出六本经书，将内藏的羊皮全部取出保存，又将经书皮缝好，把空经书交给陆高轩送往神龙岛交差。
建宁因被赐婚嫁与吴应熊而大吵大闹，康熙派小宝做随行赐婚使，实则要他找回三桂的四十二章经。其后，康亲王因经书被偷，来求韦小宝帮忙仿制经书，好向康熙交差，小宝便做了个顺水人情。事成后送小宝一座子爵府作谢礼，小宝大喜。
九难和阿珂决随小宝前往云南，护送途中，韦小宝被建宁用蒙汗药迷倒，醒后发觉赤身被公主困绑及施以酷刑，九难为救小宝掷阿珂入房，阿珂掩面救小宝后离去。小宝松绑后还击，建宁施媚功求饶，小宝终受不住引诱与建宁一夕风流。
第二十七集
快到云南之时，建宁威胁韦小宝杀掉吴应熊，韦小宝敷衍答应，却心事重重。
吴三桂隆重迎候公主，宴请韦小宝，韦小宝见到吴三桂却明知故问戏弄一番，并乘机敲诈一笔，让吴三桂摸不着头脑。
吴三桂带韦小宝见识了他书房中的三宝，让韦小宝大开眼界，韦小宝出言相讥，对府内各陈设加以批评，暗示三桂谋反之心，三桂再动杀机，让吴三桂很不乐意。吴三桂仍装做笑脸地一对火枪相赠于韦小宝。
韦小命暗中安排徐天川、玄贞道人去查探杨溢之下落，发现杨溢之已被吴三桂割去四肢、双眼及舌头，以免他泄露谋反一事，小宝大怒。
决定要查个水落石出为杨溢之报仇，徐天川等人掳来蒙古使者罕帖摩审个明白。
第二十八集
韦小宝从罕帖摩口中探出吴三桂要联合蒙古、西藏，罗刹国及神龙教，四路夹击谋反。
罕帖摩的失踪让吴三桂着了急，吴三桂安排吴应熊借救火之名闯入安阜院公主寝宫搜罕帖摩，却中了建宁公主的阴谋，小宝将计就计，说吴应熊冒犯建宁公主为由，公主自卫才将吴应熊阉割。吴三桂誓要报仇。
韦小宝得知阿珂行刺被吴三桂所擒，向九难求救，九难当面拒绝，而后悄悄去三圣庵找陈圆圆告知，陈圆圆来找吴三桂，去牢房中看自己失踪多年的女儿阿珂，母女相认，阿珂告诉陈圆圆只有韦小宝才可救她。
韦小宝藉词探望吴三桂，后又见到刺客。赫然发现被囚禁的竟是沐剑屏。
第二十九集
韦小宝吓唬夏国相，遂使计谋将剑屏带走。沐剑屏将忆述离开神龙岛后，再遇剑声、大洪等人，正商量对付吴三桂之计时，却被三桂手下擒获。至此，小宝知已中了吴三桂的圈套。
这时，小宝又接到一道姑送来救阿珂的字条，韦小宝跟道姑前往，韦小宝在三圣庵的书架上意外发现四十二章经，乘机偷走。原来接见韦小宝的正是陈圆圆。陈圆圆道出自己的过去及阿珂的身世，韦小宝庆幸阿珂乃吴三桂女儿，应可保命，陈圆圆要阿珂认吴三桂为父亲，却遭到阿珂亲生父亲李自成的拒绝，这时的吴三桂已经布下重兵围捕三圣庵中的韦小宝等人，李自成和吴三桂展开一场生死决斗，九难出现解围。
第三十集
韦小宝要九难师太将此事交他处理，韦小宝趁机要挟吴三桂交换阿珂等天地会的人质，再“请”吴应熊陪同返京，以防吴三桂出耳反耳。
阿珂一时感怀身世便要自寻短见，被赶来的亲生父亲相劝，阿珂痛责李自成没有权力管她，李自成为救阿珂二人一同掉入悬崖之下，幸好被郑克塽、冯锡范救下，并安慰她不要轻生，阿珂为之感动，也认了李自成为父亲。
双儿几经周折又回到韦小宝的身边，钱老本带天地会吴六奇、马超兴来见韦小宝，并告知李自成和阿珂的行踪。韦小宝赶到柳江却发现李西华和李自成打成一团，李西华为父报仇要李自成给个交待，李自成溺水而死让李西华也感到一丝悲伤，一直跟随陪伴陈圆圆的胡逸之赶来和冯锡范一比高低，击败冯锡范和韦小宝讲起了自已跟随陈圆圆的初衷，让韦小宝非常敬佩，吴六奇敬佩双儿要和她结为兄妹。
