第十一集
方怡感谢韦小宝救出刘一舟。陈近南也抵京探望小宝，沐王府人等为答谢天地会相救与陈近南见面，惜双方各为其主，为太子正统问题再起争执，场面一触即发。陈近南提出先杀三桂的一方就可号令另一方手下恢复大明的协定，众和议。李西华出现和陈近南一战也要加入刺杀吴三桂之列。
韦小宝向康熙说出刺客之主谋及嫁祸太后所派的太监，康熙带小宝向太后请罪，太后借故留下小宝在身边。太后派柳燕跟小宝回房取四十二章经，方怡刺毙柳燕后与小宝、剑屏出宫，却遗下订情的珠钗，小宝回房取钗时发现柳燕的断脚并未化去，决用来吓太后，却意外偷听到太后与师兄邓炳春的对话。小宝意外发现皇太后榻下的暗阁，乘机偷走三本四十二章经，却见到了正前来盗经的宫女陶红英，陶红面刺伤皇太后和邓炳春打了起来，韦小宝暗中救下陶红英，二人逃出慈宁宫。
第十二集
陶红英告诫韦小宝事事要小心，离去。韦小宝发现皇太后并没有死，知道以后很难躲过皇太后的毒手，决定向康熙讲出真相后便离去，于是将出身到入宫及至发现皇太后和海大富的对话一一告诉康熙，康熙得知韦小宝并不是太监之身并不气愤，而对太后的秘密不可相信，与小宝窥探皇太后，果然发现死去的宫女为男人所扮。康熙为怕打草惊蛇，只派小宝到五台山找顺治帝。
陶红英再次告诫韦小宝不能参和皇上和皇太后的事情，并告诉他四十二章经的秘密原由，和神龙教的势力，要他行事小心。韦小宝感激跪拜陶红英为姑姑。
方怡感激韦小宝冒险帮她找回头钗，又把她送出宫，并委托天地会徐天川护送方怡、沐剑屏回石家庄。
第十三集
韦小宝将得来的四十二章经藏在天地会马棚的棺材里，和方怡、沐剑屏告别后，前往山西五台山找顺治帝。
回石家庄途中，方怡碰到了刘一舟和吴师叔、敖师哥，夜间住店时，刘一舟偷听到方怡和沐剑屏二人互吐心丝，发现方怡的心倾向韦小宝，决杀韦小宝以解心头之恨，却反着了韦小宝道儿，受尽皮肉之苦，更在吴师叔、敖师兄和方师妹面前出丑，让方怡更加看不起刘一舟。
天降大雨，众人入破庙避雨，刘一舟见方怡与韦小宝态度亲昵，怒气再起。碰巧破庙倒塌，韦小宝等人又来到庄家鬼屋避雨，遇到神龙教陆高轩。
鬼屋中的恐怖让刘一舟显出他的懦弱，出卖韦小宝。正让陆高轩从他嘴中得知韦小宝就是他们神龙教要找的桂公公。庄家鬼屋主人得知韦小宝是杀子鳌拜的桂公公，从陆高轩手中救下韦小宝，但方怡、沐剑屏却被陆高轩和胖头陀掳走送往神龙岛。
第十四集
庄家鬼屋主人庄三少奶奶为报恩将双儿终生交托给韦小宝，双儿伤心告别庄家三少奶奶，跟随韦小宝前往五台山，做了韦小宝的护使。
双儿将自己的身世和庄家的事情都如实告诉了韦小宝，韦小宝发誓要帮双儿抓到吴之荣这个贼人，替她出气。
韦小宝乔装善信来到清凉寺见到方丈，要在这里做法事，遭到方丈的拒绝。韦小宝向方丈提出，他要亲手将母亲准备的礼物赠送给寺内众僧，方丈无奈只好应允，赠送礼物之时，却不见顺治踪影。正巧巴颜率众喇嘛借口要找被擒小喇嘛实捉顺治，却被小宝识破，韦小宝设计，再合力双儿武功高强制服巴颜，老方丈感激相救之恩带韦小宝去见顺治的师傅玉林，却遭到玉林大师的拒绝。双儿得知韦小宝为清廷做事，伤心之极，韦小定告诉双儿自己真正的身份，双儿破涕为笑。韦小宝担心顺治安危，决定半夜潜入“偷”走顺治。
第十五集
韦小宝夜潜顺治的山洞内，说服顺治暂时躲避喇嘛，却被玉林赶来阻止。巴颜又率喇嘛折返清凉寺，幸少林寺四大金刚及十八罗汉赶至，将他们击退。顺治交给韦小宝一本四十二章经，着其转交康熙，并要他谨记“永不加赋”四字。小宝与双儿下山时遇到神龙岛胖头陀，韦小宝被擒及被迫交出经书，幸四大金刚及众罗汉相救，并沿途护送返京。
韦小宝将顺治的四十二章经收藏在京城一客栈内，又带双儿游市集，却误上了胖头陀安排的“贼车”被拉往郊外。韦小宝与方怡重遇，方怡态度异常变化，让韦小宝摸不清头脑，方怡谓称沐剑屏正在“神仙岛”等候韦小宝，韦小宝不虞有诈答允一同前去接沐剑屏。
韦小宝乘船和方怡来至“神仙岛”，却误被蛇咬，幸蒙陆高轩所救。
第十六集
方怡把韦小宝骗上岛，洪夫人并不守约把解药给于方怡和沐剑屏，方怡才知自己中了圈套，暗骂自已骗小宝。
神龙大殿上，陆高轩、胖头陀带着韦小宝见过了教主夫人苏荃，韦小宝的花言巧语惹得洪夫人开心逃过了一劫。也得悉神龙教派人假扮太后潜服宫中十多年，企图盗取大清命脉藏宝图。教主夫人苏荃为四十二章经一事要赐死锺志灵，志灵反抗，正碰灵蛇吐雾，众人顷刻纷纷倒下。陆高轩指使韦小宝杀死洪安通与洪夫人苏荃，却被人群中的沐剑屏制止。小宝才得知沐剑屏中了洪教主的毒，只有教主才能解得开，韦小宝劝说神龙教合解，立此大功，洪教主封韦小宝为新的白龙使，并传授他六式武功防身，小宝答应设法带方怡、沐剑屏离开，遂自告奋勇为洪安通找经书，却未料苏荃只派陆高轩及胖头陀随行。
韦小宝神龙岛重遇双儿，带着洪教主交给他的任务离开神龙岛，前往京城。
第十七集
京城内，韦小宝将陆高轩瘦头陀二人和双儿分别安顿，自行入宫，向康熙汇报一切，遇建宁闯入要康熙和她比武，康熙妄称韦小宝是自己的徒儿，建宁公主要韦小宝陪她一起玩。
建宁公主无理取闹，令到宫女及侍卫退避叁舍，对韦小宝一顿拳打脚踢，强迫韦小宝一起玩，且烧了韦小宝的辫子，小宝气愤之下痛打建宁，但建宁非但不怕反而欢喜，原来她有被虐狂。康熙看到韦小宝被建宁打得遍体鳞伤，有些内疚。
次日，韦小宝又来到建宁寝宫，享受建宁的服侍，做起了桂贝勒。正好让赶来的太后撞个正着，太后看到自己要追杀的人在自己女儿被窝中，气愤之极，要杀韦小宝出气，危急时刻，韦小宝的白龙令掉在地上，太后发现韦小宝正在神龙教的新任白龙使，立刻俯首听命。
第十八集
康熙连升韦小宝品级，是要派韦小宝上少林寺当和尚，韦小宝烦恼也无济于事，只好乖乖地安排好陆高轩和胖头陀在京等待，带着双儿前往少林寺。途中，遇到王屋派偷袭军营，却被小宝用掷骰子制服，刺客中却有一位美貌姑娘柔让韦小宝顿生好感，特意放走各人，令曾柔对他生出爱慕之心，要求韦小宝把手中的掷子送她留作纪念。
韦小宝剃度为僧让双心伤心，韦小宝委托张康年把双儿安置在山下等他。韦小宝在少林寺度日如年，一日，韦小宝出寺闲逛，竟碰到天下美女阿珂和阿琪在水中嬉戏，韦小宝对阿珂的美貌迷惑，发誓要娶她为妻，韦小宝从阿珂和阿琪的谈话中得知她们是要找她们的师父，扮做小神仙给阿珂姐妹占起卦来，韦小宝说出她们的去向，阿珂阿琪信以为真来少林寺找师父，却和少林寺小和尚净济打了起来，韦小宝也加入战团，无意之间抓了阿珂胸部一把，阿珂受辱割颈自刎。
第十九集
阿珂被老和尚澄观救起，带到少林寺中养伤，韦小宝却受到了方丈大师和师叔祖们的审训，韦小宝说自己是因为自卫才不小心抓了她的胸部，并不是有意。
韦小宝要澄观师侄帮他破解阿珂姑娘的招数，澄观的回答让韦小宝伤透了脑筋，夜间，阿珂不顾伤口离开寺庙，在少林寺附近等待韦小宝出寺找他算帐，韦小宝因阿珂走后，无聊之际来到山下一所妓院，他内行的口调让妓院老板对他百依百顺，配合韦小宝男扮女装逃过阿珂和阿琪的双剑。
韦小宝躲在寺中不敢再出来，去向澄观师侄求助，二人一起偷偷出寺门，正好让在此等候多时的阿珂和阿琪撞上，澄观被迫和阿珂、阿琪动起手了，阿琪败在澄观手下，舍弃师妹阿珂先行离去，韦小宝将被澄观点了穴的阿珂抬进庙中，这让澄观不知如何应对。
韦小宝挑逗阿珂遭到阿珂的反感，本想乘机轻薄阿珂，阿珂却冷面相待，痛骂韦小宝是淫僧。韦小宝一时不知如何应对，跪地面对佛祖发誓今生要娶阿珂为妻。韦小宝解开阿珂穴道却被阿珂刺伤。阿珂逃出寺庙，韦小宝伤心意绝。
第二十集
阿珂师姐阿琪带着蒙古王子葛尔丹一行人来少林寺挑衅，要少林寺交出阿珂，吴三桂手下的杨溢之认出了韦小宝是桂公公，替他圆场化解了矛盾。韦小宝以他的聪明才智，令葛尔等人知难而退，只好离去。张康年传圣旨来到，原来康熙命令韦小宝上清凉寺当主持，实则是从少林寺绕个圈，再带些人去保护顺治，这样不容易引人注目。
韦小宝到山下接到双儿一起前赴五台山清凉寺，五台山的清凉寺被数千名道士包围，目的是活捉行痴大师（顺治帝），小宝只好施行金蝉脱壳之计，假扮道士带行痴等人逃离清凉寺，半途碰到赶来微服出行的康熙。顺治经不起康熙的苦苦哀求，父子终于相认。
