第十一集
迈克尔等人的挖掘工作仍在继续，“背包”无谓地挑起与“便条”的种族仇恨，这时望风的苏克雷警告大家狱警来了。狱警的目标是找迈克尔，在众人诧异的目光中通知他“斯科菲尔德太太”来访。迈克尔在独立的夫妻探视室见到了妮卡，她交给他一张信用卡。维斯特莫兰被告知女儿患上了食道癌，只有几周的时候了，但是法庭不允许他出于探望，除非是参加葬礼。绝望的维斯特莫兰找到了迈克尔，他要加入他们的越狱计划。
尼克告诉维罗妮卡事态的发展早已出乎意料，斯迪曼谋杀案的真相不但关系到林肯的生死，而且有证据表明副总统从斯迪曼的能源研究计划中挪用了数百万资金用于选举。正在此时，奎因闯入了他们的藏身之处，尼克被击伤，维罗妮卡和里杰艰难地挣脱捆绑逃入了丛林，并把追踪而来的奎因骗入了一口深井。
四天之后就是预定越狱的时间，但是迈克尔却心事重重，他告诉林肯经过精确的时间计算，一共有13分钟用来逃脱，每个人要花去2分钟，但是现在他们却总共有七个人。
第十二集
“便条”偷听到迈克尔与林肯的谈话，他告诉阿布兹和苏克雷将有一人被排除在越狱计划之外，阿布兹决定除掉不断惹事生非的“背包”。
维罗妮卡将失血过多的尼克送入了医院，里杰在报纸上看到母亲葬礼的公告，他偷偷溜出医院。探员黑尔守候在墓地，里杰进入了他的视线，克勒曼在电话中指示黑尔跟踪里杰以找到维罗妮卡，但是看着里杰在母亲棺材边痛哭的样子，本已动摇的黑尔内心越发痛苦。
在“便条”的挑拨下，苏克雷对迈克尔的计划疑虑重重。阿布兹命令手下抓住了“背包”，不曾料到却被他用剃刀割开了喉管。
维罗妮卡突然接到一个神秘的电话，黑尔在电话中说如果她愿意为救林肯而继续冒险，那么当晚去高地咖啡屋，他掌握着一些有用的信息。
迈克尔完成了越狱计划的准备工作，所有的管道都已经打通，这时在地面上，望风的林肯发现狱警高里向警卫室废墟走来，为了赢得时间让迈克尔爬出坑道，林肯向高里的脸上打去。
迈克尔爬出洞口后高兴地告诉大家今晚就是预定的越狱时间，但是与此同时，林肯正被两个狱警拖向单独紧闭室……
第十三集：
受伤的阿布兹被一架医用直升飞机接走，前往芝加哥进行救治。“背包”庆幸少了一个越狱者，“便条”补充说，少了两个人。此时遭到毒打的林肯被高里拖进一间单独的囚室并锁在铁门上。
迈克尔打听林肯的下落，波普告诉他，林肯被执行死刑前他们不可能再见面。迈克尔表示暂缓越狱计划，他要先救出林肯，遭到其他越狱者的强烈反对。
漆黑的囚室里林肯绝望地等待着命运的降临。尼克告诉维罗妮卡，林肯的案子也许会有转机，于是她建议将他们的发现公诸与众。
迈克尔用刀片割开纹身，从伤口里取出一枚黑色药丸。林肯收到迈克尔托牧师转交给他的念珠，里面藏有药丸和一张纸条“八点十分吃下去”。在警卫室干活时迈克尔故意砸坏水管，为越狱争取了更多时间。
林肯吞下药丸后在痛苦挣扎中失去意识，被送进医务室。同时迈克尔等人也开始行动，他第一个跳进洞中。黑尔准备向维罗妮克说出真相却被不速之客打断，躲在一边的她亲眼看见他死在坎勒曼的枪下。
迈克尔遇到意外的问题，他动手脚腐蚀过的那段管道被更换过了。迈克尔听见林肯的声音，开始疯狂地撬别管子，陷入绝望的他宣布他们逃不出去了，这时“背包”递上一把刀子“你能让我们出去”。
第十四集：
绝望的“背包”拔出刀子威逼迈克尔，一定要带他们逃出监狱，但是新更换的管子把他们与病房中的林肯相隔开来。
林肯向走进房间的萨拉解释自己想吐才下了床，随后进来的狱警把他铐在床上。贝里克赶往警卫室看到刚刚钻出地道、若无其事的迈克尔等人，他满腹狐疑却没有发现破绽，只得命令他们几人回牢房。
迈克尔在医务室见到了萨拉和另一个房间里的林肯，他希望萨拉能和父亲谈起此案，为林肯洗刷冤情，萨拉表示无能为力。尼克和维罗妮卡设法说服书记官安排法官听取他们的申诉。
放风时，维斯特莫兰一番话让迈克萌生新的念头，让电椅短路，就可以争取3周的时间。一边的特维纳偷听到了只言片语。迈克尔在苏克雷的掩护下，进入地道捉了一只老鼠，随后潜入另一条管道。特维纳向贝里克提到电椅，引起他的警觉，随后的检查中发现高压线路上有一只死老鼠，保险丝因此被烧毁。
法庭上因为缺乏实质性的证据，维罗妮卡和尼克的慷慨陈辞未能说服法官。迈克尔受命去见林肯刑前的最后一面，他十分震惊。萨拉去找尼克和维罗妮卡，拿到林肯一案的材料去找父亲、州长Tancredi，要他仔细看看。行刑的时间到了，慑于副总统的权势，州长打来电话，林肯不得赦免，最后一丝希望也破灭了。维罗妮卡和迈克尔在黄线后先后与林肯拥抱道别，眼睁睁地看着他被带往行刑室。
第十五集
千钧一发之即，林肯的死刑被暂缓，原来发现了新的证据，凯斯勒法官决定暂停死刑。林肯很肯定地告诉迈克，他在观刑室看见了离家近30年的父亲。
副总统命令特工凯勒曼和萨曼莎查出谁走漏了情报，让林肯逃过一劫。凯斯勒法官顶住副总统的压力，坚持要对泰伦斯开棺验尸。迈克尔不愿坐等调查结果，准备继续越狱计划，与上次不同的是，改从与医务室共用一根管道的精神病人区逃走。
副总统在媒体上严厉抨击法官和维罗妮卡的验尸举动，同时，泰伦斯的棺木被掘出装上汽车。因为尸体高度腐烂，法医提取了牙模与泰伦斯以前的进行比对，结论为两者完全相同。
警卫室墙壁塌出一个大洞，迈克尔等人百般掩饰才瞒过了贝里克。林肯躺在单人囚室里，回忆起儿时与父亲看球赛的经历，猛然想起一个熟悉的名字。迈克尔在苏克雷的帮助下，搞到一身狱警的衣服，钻进地洞熟悉新的路线。通过蒸汽室时他被烫伤，衣服粘在身上，回到囚室只能烧掉了。医务室里，护士告诉萨拉，迈克伤口上的衣物纤维属于警服。迈克告诉苏克雷，精神病区部分的管道图被烫毁了。
