第十六集
林肯因欠下9万美元的债务无力偿还，而被迫成为雇佣杀手。在动手前他致电迈克尔想向他讨个主意，但对于哥哥的自甘堕落早就深感失望的迈克尔拒听了他的电话，林肯赶到指定地点发现欲下手对象已中枪气绝身亡，林肯最终被警方抓获。迈克尔对林肯事件的冷漠态度让维罗尼卡忍不住向他吐露实情，原来在母亲逝世后并没有所谓的保险金遗留下来，而迈克尔分到的赡养费正是林肯借来的。哥哥对自己的恩情让迈克尔对林肯有了重新认识，他开始相信林肯被人诬陷，并着手调查此事。迈克尔得知林肯即将被押往福克斯河监狱接受死刑，而他所在公司却正好拥有该监狱的结构蓝图，越狱计划开始在迈克尔脑海中出现雏形。
几乎在同一时间：
苏克雷在街头邂逅心爱的女孩玛丽克鲁兹，为购买结婚戒指向玛丽克鲁兹求婚，苏克雷持枪打劫一家便利店被警方抓获锒铛入狱。莎拉虽然身为医生，但枯燥的生活让她厌倦不堪，长期靠注射毒品维持生存动力。直到一天她眼睁睁的看着一名伤者倒在面前，而自己却因毒瘾发作无能为力时，如挨当头一棒般被唤醒了，莎拉开始积极戒毒并立志要帮助劣势人群。彼时便条还是一名守卫前线的军官，因目睹军队对战俘惨无人道的虐待场面，决定揭发真相而被部队除名。为了生存他偷运私货最终成为阶下囚。那时的背包带着一脸和蔼温暖的笑容进入了一个家庭，如同任何普通男人般扮演着慈父和好丈夫的角色，直到有一天女主人苏拉在电视上发现这个脉脉温情的男人竟然是背负六条人命的通缉要犯，在铁栏后背包再次被邪恶附身，并咬牙切齿的表示将会让苏拉尝到背叛的恶果。
第十七集
自烫伤事件后，迈克尔试图凭着记忆还原被烫掉的蓝图，但难度巨大。莎拉将迈克尔背部有狱警衣物纤维一事报告给瓦登，瓦登找迈克尔谈话，希望他能给自己一个合理解释，迈克尔闭口不答被关禁闭。为了监视迈克尔等人的动向，白兰克将米勒安插入储藏室工作，并告诉苏克雷等人储藏室的活以后会请专人打理，他们不久将撤离储藏室，这个消息让苏克雷等人慌乱不已。为了掩盖地洞的秘密，苏克雷冒险深夜从牢房爬出，将地洞用水泥填补起来，然后走出室外被狱警抓获。白兰克对苏克雷的诡异行为大感疑惑并对他严加审问，苏克雷按先前所计划好的声称是为了等狱外的朋友给自己送女友的内裤，所以在下午收工时趁乱留在了外面，白兰克将信将疑的把他关进了单独禁闭室。同时米勒向白兰克告密储藏室地板有异，当白兰克气急败坏的赶到现场时，看到的已是经过苏克雷修复如初后的景象了。
迈克尔被关紧闭后，突然一反常态的目光呆滞不声不响。苏克雷向狱警通报找来莎拉，莎拉诊断迈克尔因压力过大导致精神崩溃，而将他送入了精神病员区。不过当迈克尔一进入精神病员区立刻目光炯炯判若两人，原来迈克尔装病是为了接近对他的纹身特别留意的前室友汉瓦，以便借助他的记忆复原烫坏的蓝图部分。另一方面，维罗尼卡等人返回当初藏匿的小屋，发现奎因死在陷阱中，LJ将从他身上发现的线索偷偷的藏了起来。
第十八集
迈克尔努力启发“铁丝”，希望借助他的记忆复原被烫毁的部分管道图。“铁丝”慢慢想起以前的事，迈克尔教他用催吐法躲过了每天必服的镇静药。
迈克尔留在精神病区，苏克雷关在禁闭室，贝里克和高里决定“拍卖”他们的囚室捞取好处。一个犯人愿以200美元的价格搬入，高里答应24小时内找人修好漏水的马桶，“背包”听见他们的话，赶紧去找维斯特莫兰和“便条”商量对策，他们决定不惜一切代价买下入住权，贪婪的高里把价码提高到500元。
林肯得知儿子利杰被捕后，坚持要亲自劝说儿子听从维罗妮卡的安排，她答应替他申请。雄风不再的“便条”不但没弄到钱，反而遭到另一帮黑人的暴打，“背包”表示他可以通过赌搏赚钱。“铁丝”想起了地图，也想起迈克尔陷害他的事，迈克尔答应越狱时带他一起走。洗衣房的曼奇看见迈克尔背部的伤口，联想到苏克雷归还的警服。
在一家电器商店，一名男子叫尼克“萨维恩”，并提醒他不要忘了自己的职责，随时保持联系。坎勒曼告诉副总统，林肯的死刑计划遭到他父亲的出面干预，副总统决定瞒过公司，继续解决掉林肯。
“背包”和“便条”在牌桌上大获全胜，可是高里又把价格涨到700，得到维斯特莫兰的怀表后，他卑鄙地出尔反尔，“便条”等人七窍生烟却无可奈何，得知越狱计划的曼奇表示他有办法让迈克尔回到囚室。林肯获准去见利杰，波普告诫他不要节外生枝，林肯保证他不会惹事生非。
迈克尔告诉典狱长波普，背上的烫伤是高里勒索未果后留下的，波普将信将疑，亲自搜查高里的衣柜，找到了一卷钞票和怀表及烫坏的警服，高里终于恶有恶报，被赶出监狱。迈克尔重新回到阔别的囚室。
运送林肯的警车在半路上被一辆巨型卡车撞翻，车内的人生死未卜。
第十九集
翻车后林肯被甩出车外，头破血流，多处受伤。特工坎勒曼驾车出现，准备捂死无力反抗的他。另一个男人出其不意地打晕坎勒曼，拖走了林肯。
苏克雷被放出禁闭室，越狱小组重新聚首，迈克尔告诉他们医生办公室是他们出逃的必经之路，一定要拿到房门钥匙。这时约翰-阿布兹伤愈归来，一副虔诚信徒模样的他告诉迈克尔仍然愿为越狱提供飞机。
贝里克说服波普向上瞒住林肯失踪的事，自行展开追踪。昏迷不醒的林肯被神秘男人带到废旧车处理场藏起。
医务室里迈克尔出其不意吻了萨拉，但面对她的质询，他始终无法下手偷得钥匙。醒来的林肯认出了眼前的男人正是他的父亲。父亲告诉林肯，自己为掌握国家大权的“公司”工作，他们为了阻止他离开，故意陷害林肯。维罗妮卡查阅了奎因的通话纪录，对蒙大那的一个号码产生怀疑。
阿布兹来找“背包”，表示愿意勾销“刀片割喉”的旧帐，“背包”将信将疑，充满戒备。图纳不堪忍受同室犯人Avocado的性侵害，用刀片将其划伤。妮卡和萨拉在餐厅谈话，下手偷走了她的钥匙，趁探监时交给了迈克尔。
林肯和父亲的谈话中泄露了“公司”更多的内幕，父亲表示将会和他一起拨乱反正，两人打算离开时，坎勒曼和警察闻讯而至，包围了旧车场。坎勒曼发现林肯，正欲对他动手，林肯向贝里克自首，父亲悄悄离开。
萨拉发现钥匙不见了，很快怀疑到迈克尔身上，当着他的面，她要工人换掉了门锁。林肯被押回监狱，波普命人24小时监视他。图纳为保命，向贝里克告发迈克尔等人的越狱计划，震惊的贝里克砸开警卫室的地面，发现了洞口。
第二十集
贝里克发现迈克尔等人挖的地洞惊骇不已，猝不及防间突遭威斯特莫兰的袭击，一番打斗后他被捆住扔进地道，受伤的威斯特莫兰告诉迈克尔，必须在今晚警卫发现贝里克失踪前逃走。迈克尔立刻布置下任务，各人分头行动，如何把24小时受到监控的林肯弄出来成了最大的障碍。
迈克尔向萨拉坦白越狱计划，请求她帮一个小忙，下班时别锁办公室的门。萨拉无法说服自己告发迈克尔，矛盾不已、进退两难的她，提前离开办公室作为逃避。副总统办事不力，遭到幕后支持者的斥责和威胁。
阿布兹打电话通知狱外同伙准备好飞机，并透露只有三个人能成功逃脱。
维罗妮卡查出蒙大拿神秘电话的地址与泰伦斯的公司有关，卡准备亲自去一趟，尼克同时接到阿布兹的电话指令。贝里克恢复意识后，拼命想挣脱绳索和胶带。
众人得知图纳也要和他们一起越狱表示强烈反对，但面对迈克尔坚决的态度只得作罢，“便条”把“背包”的刀子交给迈克尔，提醒他注意“背包”和阿布兹。迈克尔从泰姬陵上偷拿下一块支柱，他得到波普的许可在禁闭室看望林肯，发现林肯被锁在墙壁上，寸步难行。
萨拉从电视上得知父亲有望成为副总统的竞选人，而他对林肯死刑的坚决态度也被特别提到。
迈克尔要苏克雷用“便条”偷来过氧化物漂洗蓝色的囚服。毫无逃跑打算的图纳得知室友Avocado当晚要回来，终于下定了决心，开始做准备。各人怀着不同的目的，紧张等待最后时刻的来临。
尼克终于现出本出面目，把枪口对准正要出门的维罗妮卡，如梦方醒的她痛骂他是懦夫。
波普打算送给妻子作礼物的泰姬陵突然倒塌，他立刻召人去找迈克尔，这时警卫向他报告，贝里克失踪了。波普的办公室里，迈克尔拔出小刀，告诉波普他要越狱，而且带着林肯一起走。
