旗舰大结局
第三十一集
舰队调查组进驻基地，郑远海被隔离。但陈建军的心里一点都不轻松，他经过激烈的思想斗争，最后决定说出真相，勇敢地承担责任。他把真实情况的报告交给谢庭群，希望他转交给父亲，因为他不敢对视父亲的眼睛。
谢庭群为保护陈建军，私自将报告内容更改，送交了舰队。
调查组做出处理意见，郑远海按战士复员，父亲当年也是在八号海域触礁船沉，也是按战士复员处理，历史惊人的相似。
郑远海来找陈建军道别，感谢他对自己的帮助，使自己不枉穿这身军装，陈建军不解，自己报告说得很清楚，怎么还处理郑远海？他来到父亲的办公室，陈敬国去北京开会，谢庭群承认是自己把报告更改，陈建军狠狠给了他一拳。
陈建军闯入正在宣布郑远海处理决定的会场，向所有领导和官兵说出了真相。陈建军希望鲁淮成在处理决定出来之前，不要让自己父亲知道，他不愿意人们说他的每一步都是在父亲的庇护下走过来的。
工作组重新认定了事故责任，但处理意见希望基地做出，难题甩给了鲁淮成，鲁淮成怀着沉痛的心情来到医院见陈敬国，见到老首长他又欲言又止，这是他一生中第一次没有快人快语，他一字不提地离开了医院。
鲁淮成和基地党委最后做出决定：陈建军按战士复员。陈敬国接到报告一句话没说，在上面签上了自己的名字。
深夜，陈敬国请儿子陈建军喝酒，父子俩含泪把酒，倾诉衷肠。谢庭群站在门外感动得热泪盈眶。
第二天，陈敬国亲自来到基地宣布了处理决定。
陈建军向鲁淮成道别，鲁淮成嘱咐他：不管别人怎样评介你，记住脱下军装也不要忘记自己曾经是个军人。
郑远海问陈建军为什么要承认责任，陈建军回答，你比我留在军队更有用。并嘱咐他一定要抓住那条“鲨鱼”。
第三十二集
陈建军整理好行李，看了看自己的舰长室，来到甲板，全体官兵向他敬礼。陈建军含泪向军旗行了他最后一个军礼，转身迈着大步离去。
深受教育的谢庭群向陈敬国递交了请调报告，他希望把他派到最基层去工作，一切从头开始，努力使自己成为一个配穿这身军装的军人。
谢庭群来到基地救援船报到，担任了副船长职务。
姜喜子要退伍了，他请求郑远海最后让他再随舰出趟海，就在这次出海执行堵截武装海盗劫持的国际货轮的战斗中，献出了自己的生命，东江基地领导根据姜喜子生前的遗嘱，将他的骨灰撒向大海，郑远海悲痛地率舰出海，姜喜子的骨灰随风飘落在深蓝色的大海之中。
军乐声中，东江基地军港迎来了我国最新驱逐舰188旗舰，郑远海荣任舰长。
鲁淮成信任地看着郑远海，嘱咐他，国家把这么大的一笔财产交给我门，一定要用好它。郑远海表示一定不辜负领导的信任和人民的希望。
深夜，梅得贵不忍梅杏儿为治自己的病而委身于季东，他终于含泪告诉了梅杏儿的身世，说出了谜底。梅杏儿坚定地要为养育自己的梅得贵治好病，并抚养终身。
第三十三集
于季东为了给梅杏儿举办婚礼，找到了有黑社会背景的潭龙，向他借钱，保证过段时间，连同原来借的钱一同归还。潭龙说只要于季东帮他的货从海关过关，所有的钱都不用还。于季东听说是倒卖文物，立即起身而去。不久，他就接到了潭龙催他还钱的电话。于季东被逼无奈，决定铤而走险。他找到已经在海关缉私大队担任队长的陈建军，希望他能帮助货物快速过关。这引起了陈建军的注意。经过几次较量，陈建军终于将潭龙等倒卖文物的不法分子绳之以法。
林雪拿着两张出国机票希望于季东跟她一起出国，并告诉于季东，梅杏儿答应嫁给他是自己逼的，梅杏儿并不爱他。于季东愤怒的质问她为什么要这样做，林雪含泪说自己爱他，于季东惊讶。
于季东和梅杏儿来到结婚登记处，由于已经下班时间已到，他们没有办成结婚登记手续，约好明天一早来办理。
梅得贵终于将梅杏儿为治自己的病而委身于季东的事情告诉了秦思婷，真相大白，秦思婷将一切向医院领导和鲁淮成做了汇报，拿出自己三十万的积蓄，替梅杏还给了于季东。于季东由于参与了潭德的贩卖文物的罪行，被陈建军的海关缉私队抓获。
旗舰上，随舰的梅杏儿手持那个从小跟随自己的拨浪鼓，默默地看着大海。郑远海无意间看见，一眼认出这是小时侯自己逗鲁淮成女儿的那只拨浪鼓。
鲁淮成怎么也没想到，自己寻找了二十多年的女儿竟然就在自己身边。他终于找到了朝思慕想的女儿，梅杏儿呀终于找到了自己的亲生父亲，父女相认。
第三十四集
深夜，一直昏睡的秀竹有了醒来的迹象，经过几个小时的大脑手术，当太阳升起的时候，秀竹的神志终于醒了过来，她又重新看到了亲人喜悦的面庞。
一年后的一天，郑远海和梅杏儿，南克江和郑秀竹一起举行了婚礼。秦思婷做为梅杏儿的伴娘向他们表示了祝福。
正在人们庆贺的时候，传来南克江的潜艇在海下被不明物缠住了螺旋桨，情况十分危急，新郎南克江依然告别婚礼赶到了救援船上，前往出事海域。可是，深潜设备只够六十米水深的救援条件，但潜艇被困在海下七十米，潜艇内已经严重缺扬，时间不能等待，身为救援船船长的谢庭群毅然穿上潜水服，冒险深潜到了被困的潜艇旁，他克服着氧气管断裂的危险，用最后一口气坚持把缠在潜艇螺旋桨上的不明物砍断，终于使潜艇起死回生地生到了海面。他却因为氧气管断裂，窒息在海底，用行动实现了无愧于穿这身军装的誓言。
海边，陈敬国和鲁淮成两位将军为谢庭群的英勇行为和成为一个真正的战士脱帽致敬。
阴沉的夜海上，突然出现了不明国籍潜艇进入我领海线内，郑远海的旗舰和南克江潜艇奉命前后夹击。郑远海率舰第三次勇闯八号死亡海域，他沉着指挥，果断处理，成功地闯过八号海域，终于在太阳初升时，在我领海线内逼迫不明国际潜艇上浮，俘虏了多次闯入我领海侦察的“鲨鱼”。
鲁淮成带着找到二十多年失散的女儿和成功征服八号死亡海域的喜悦来到军港码头，接受了所有舰艇站坡官兵的致敬。这位老兵看着英武成熟的郑远海，放心的离去。
