迈克尔再度入狱，入狱的第一天就目睹了SONA监狱的野蛮——两个人在圈中决斗，其中一人被勒死，画面中出现了第三季中重要的道具——鸡爪。一向冷静的迈克尔开始有些慌乱。在监狱中遇到了探员马洪，然而迈克尔对他一直保持冷漠。在外一向骄阳跋扈的BELLICK，在SONA监狱里吃尽了苦头，不但没饭吃，还被人耍弄，打的遍体鳞伤，最后还被派去收拾犯人们臭气熏天的厕所。
监狱外，林肯一刻也没闲着，为了救自己的弟弟迈克尔四处奔波，最后靠美国大使馆的帮助准备为迈克尔转狱，而林肯自己也已经获得了自由。林肯跑到监狱，见了迈克尔，并保证一定要救他出去，而迈克尔却一直心系SARA(最新动态、个人档案)的安危，让林肯尽一切努力寻找到她。同时，林肯在监狱外见到一位神秘的女子，通过之前的介绍，她就是Sofia，她一直在监狱外大声喊着，似乎在等待着什么。
监狱中的黑老大Lochero召见新入狱的犯人，从一开始就针对迈克尔，因为他通过看电视已经认出了迈克尔的真实身份，迈克尔俨然已经成为了“大明星”。从此开始对迈克尔百般刁难。
迈克尔一心只想早日逃离这个可怕的人间地狱，这时候外面有一位神秘人要求接见迈克尔，他想让迈克尔再度越狱，并保证提供一切需要的资源，然后却被迈克尔断然拒绝。回到狱中，竟意外的发现T-BAG也被关到了SONA监狱，迈克尔心里不免产生了一些担忧，T-BAG进来后不久就企求想加入黑老大一伙。
迈克尔忧心忡忡地来到了自己的牢房，却被一壮汉袭击，并被诬陷偷了他的东西，很显然是黑老大故意安排的事件，不出所料，他们在迈克尔的身上搜出了壮汉丢失的东西，于是黑老大叫两人决斗。
另一方面，BELLICK在打扫的时候，听到角落里有人叫他，于是便走过去一看究竟，原来墙后面有人，墙后的神秘人要求BELLICK帮他一个忙，并给了BELLICK一些吃的，之后便把两张纸条交给了BELLICK。
决斗前，迈克尔心也开始慌乱起来，坐立不安，回想起以前和SARA在一起的点滴，马洪在决斗前来看了迈克尔，并表示关心，暗示迈克尔是他出去的关键，希望他决斗中不要出事。
在一片喊叫声中，迈克尔和壮汉开始决斗，之前黑老大Lochero宣布，决斗的时候禁止使用武器，出场的时候，BELLICK把其中一张纸条塞给了迈克尔，另一张则塞在了壮汗的裤兜里，决斗开始，身单力薄的迈克尔在将马洪的暗示帮助下将壮汉打倒在地，壮汉一条腿被打断，随后壮汉恼羞成怒，这时，不知道是谁将一把刀扔到了壮汉面前，壮汉拿起刀便冲向了迈克尔，这个时候马洪及时出手，杀死了壮汉，迈克尔暂时平安。
监狱的狱警将死的几个人抬出了监狱，并补射了几枪，然后扔到了荒郊野外，这个时候，之前在监狱外大声喊叫的神秘女子Sofia跑了过来，并在壮汉的裤兜里翻出了那张纸条，上写“versailles 1989 v.madrid”。
另一方面，林肯接到了儿子的电话，说和SARA在一起，电话故障听的断断序序，之后林肯找到了迈克尔，原来林肯的儿子和SARA都被一伙神秘人绑架，而这些神秘的人与之前找迈克尔的老头有这某种联系，这伙人要求迈克尔再度越狱，并将另外一个人一起带出来……
