第一集
李言闻是鄿州濒湖的名医,他有感民间医生的社会地位低微,故希望二子李时珍能考取功名,出人头地。珍受父的影响,沉迷草药研究,即使在备考期间仍替病人诊症。珍邂逅假装‘药仙’来赠医施药的冬青,欣赏她的侠义心肠。闻为守故友承诺,要珍在高中科举后迎娶荆王的外甥女吴慕榕。荆王却嫌弃李家社会地位卑微,对他们存有偏见。榕仰慕珍的才华,期待早日下嫁他。寡妇刘一姐因难产而气绝休克,家人误以为她已死,将下葬。岂料下葬时胎儿作动,棺木中流出血水,幸珍与青及时发现将她救出。姐顺利产子,视珍及青为恩人。珍的抱负是行医,对科举考试不感兴趣,无奈在闻的再三施压下不得不答应到武昌赴考。
第二集
闻要珍在书院寄读以应付科举,珍无奈答应。姐得青相救后与她成为好友,更视青为儿子虾的谊母。青受父小地藏的影响,对行医产生兴趣,她为屏除社会对女子行医的偏见而立志要一鸣惊人。渔夫金水因脚患而向珍求诊,由于珍答应闻在备考期间不行医,遂找来青协助。珍认识了太医院的高才生庞宪,向他借医书遭拒绝,后宪被他的诚意感动才答应商借。珍陪伴青四处采药,二人志趣相投,惺惺相惜,不自觉的对对方产生好感。然而珍有婚约在身,没有向青表白。他郁结难解,只好向兄李果珍倾诉。宪在濒湖邂逅榕,对她一见钟情。另方面,榕几经辛苦才获得‘状元笔’送赠珍,珍感动。
第三集
榕身体虚弱,珍弄来补汤给她调理。果在采药时认识了青,对她印象难忘。珍见果在丧妻数年后觅得对象,鼓励他追求心仪的女子,珍没想到两兄弟喜欢的同是一人。果为青修补房屋,青却误会是珍安排。珍打算向青表白,并决定赴考归来便与榕解除婚约。珍鼓励果向心仪的女子提亲,并送他信物以作提亲聘礼,不料青却误会珍派果来提亲,一口答应。珍在武昌考试期间,无意中开罪了陈考官。珍在试场目睹朝廷大臣严嵩的儿子严世藩贿赂舞弊,他揭发事件,却反被狠狈为奸的陈考官及藩冤枉作弊。珍被赶出试场后忧愤成疾,病重,幸青及时为他诊治。
第四集
榕瞒着荆王到武昌找珍,在途中遇上贼人,幸宪仗义相救。宪再次遇榕,对她更是念念不忘。青听闻有神医断错症令村民死去,细查下发现此神医是藏。藏医术高明,加上肯大胆用药,敢于医治不治之症。藏没有医籍,常在行医期间出意外。珍一直昏迷,根本不知道是青救了自己。青本欲送珍回乡,阴差阳错下,却由榕将他送回,结果珍误会榕是自己的救命恩人。珍从果口中惊闻青已答应了他的婚事,晴天霹雳。珍与果兄弟情深,为了果的幸福而决心让爱。荆王得悉珍再次落弟而决意退婚,榕大受打击。榕未能嫁珍,削发为尼,感情失意的珍被榕打动,决定迎娶她。
第五集
荆王反对榕的婚事不果,气结。珍成亲后,青才赶回濒湖。她惊闻珍已另娶他人,伤心欲绝,与他决裂。果见青喜欢的不是自己,明白是自己一厢情愿,故决定放弃婚约。姐怪罪果令青错失良缘,时加揶揄,与他成为一对斗气冤家。闻不再坚持,答应让珍行医,并将家业传给珍。榕嫁入李家后洗尽铅华,过着简朴的生活。闻妻张娇视榕为接班人,她将家务和技能传授给榕,榕感到压力。榕的侍婢见喜经常探望榕,二人关系良好。县官林知县服用珍开的药方后中毒,他误会珍配错了药,经查察下,发现原来是荆王兼管的惠民药局抓错了药。
第六集
娇将家中杂务交由榕打点,榕不适应,弄致精神紧张,面上长满黑斑。珍彻夜不眠来寻找医治榕的方法,榕感到受冷落,误会珍嫌弃自己现在的容貌。珍求藏医治榕,脾气古怪的他没有答应。宪到濒湖找榕,榕没有向他承认身分,宪因此误会自己认错人。珍再找藏,时青出现,珍才得知青与藏的关系。藏本欲答应珍的要求,但想到青的感受后便打消念头。藏写下医治黑斑的药方,让青决定是否交给珍,青面对自已曾经爱过却已不属于自己的珍,深感矛盾。珍体谅青的感受,明白要她交出药方是一件困难的事。
第七集
珍爱榕之情感动了青,青不再执着,将药方交出,并穿针引线,叫藏收珍为徒。青与珍从此以师兄妹相称。榕病愈后,娇没有让她打理家务,榕无所事事,找喜教授自己厨艺。疫症爆发,村民争相购药。珍要求荆王和林知县拨款来赠医施药,同时公布疫情。林知县不欲事件给张扬,以免为朝廷怪罪,故不惜牺牲村民的性命来自保,引致疫情一发不可收拾。宪在濒湖实习,他向荆王自荐到惠民药局医治村民。疫情告急,珍在城门外设置临时检疫站;村民争相检疫,引发集体殴斗。宪见珍对抗疫的热诚,愿协助珍与村民共渡难关;珍成为抗疫英雄。
第八集
珍将染病的村民集中在山上医治,青、闻等共同协助。抗疫期间,青与珍共同研究药方,二人志同道合,青对珍的爱火重燃。榕弄来美食慰劳各人,娇才发现她秘密学习厨艺。宪向高官筹款,将款项用作购买名贵药材给病人调理身体,珍感激。珍从藏身上得到启发,研制出蒸醋消毒法。无良奸商售卖假药,珍将他们逐一驱赶。病人得到珍及青等的治理后渐渐康复。珍操劳过度,染上疫症。榕得知珍染病,担心不已。藏发现田鼠有治疗瘟疫的疗效,遂提出以田鼠医治病人;宪反对没有理据的方法,惟青却赞成一试。
第九集
珍研制鼠药汤,并以身试药,希望其他人会顺服它的疗效。珍的病情恶化,他在病榻中向青表白心迹,青虽感动却不敢接受。鼠药汤终发挥疗效,珍病情好转。抗疫成功,林知县邀功,遭村民谴责。宪为助林知县挽回民心,提出向朝廷拨款捐助受害人家属。珍眼见疲症期间官方药局抓错药,加上奸商售卖假药,决定重修历代本草纲目,让世人辨别真伪。珍向荆王要求支助重修本草纲目,荆王见花费庞大而拒绝。珍希望借助太医院的力量来达成心愿,宪愿协助他将大纲上奏朝廷。荆王的堂兄楚王携孙儿恒拜访荆王府,榕与珍往拜会。珍治好了恒的怪病,获楚王赏赐。
第十集
楚王见珍的医术高明,聘用他在王府任奉祠正(即祭祀礼节的官员)。珍向青话别,青不舍。青考虑到女子行医不被信任,故女扮男装到京城行医,希望有朝能打出名堂。青治好楚王长子大王子的怪病,又帮助他解开心结与楚王修好,楚王感激,不再计较她的女子身分。珍欲推荐青到良医局工作,楚因良医局只聘用男性而婉拒。青的事业受挫折,幸得珍鼓励,青决定经营药膳来延续医人的心愿。皇宫招揽人才,楚王推荐珍考取吏目来填补太医的空缺。珍在太医院重遇宪,宪暗想有机会与他一比高下。