第三十一集
时间过了两年,德久准备行李,到济州去看长今。长今专研医术已经稍有成就,随时可以独自帮病患把脉开立药方,但是因为曾经帮张德施针出过很大的差错,因此对于施针迟迟不敢再度尝试。德久因为晕船严重,被人背到官衙药局,长今以熏疗法治疗德久,德久终于渐渐苏醒,德久与长今两人久别重逢,感慨万千……当闵政浩与张德离开济州到牛岛去的时候,倭寇突袭济州。倭寇主将生病急需大夫诊疗,长今被逼上阵施针,终于成功治愈倭将并且协助闵政浩击退倭寇……
第三十二集
长今被义禁府的官员押送到京城,济州牧使呈给皇上的奏折内容谎称长今内通倭寇。因此,长今受到义禁府官员拷问,幸好闵政浩挺身而出说出真相,长今才得以脱离险境。当长今知道闵政浩不愿意留在京城,想要再度回到济州去,长今劝闵政浩要留在宫内担任京官职务为国效力,长今在回济州的途中,到埋葬韩尚宫娘娘的地方拜别韩尚宫。因缘际会遇到一户官宦子弟,并且替他根治久年不愈的陈疾得知宫廷即将举行医女选拔,立刻赶回宫去参加选拔,郑云白为当时主考官之一,希望长今舍弃仇恨之心,以仁心仁术行医。德久在得知长今高中金榜,欣喜若狂,长今也正式入宫接受医女训练……
第三十三集
长今正式开始接受医女教育训练,遇到一位严厉的医学教授。对于长今在途中帮一位户判大人的公子治病事情相当不满,因此还没开始正式上课,就被教授视为眼中钉,此后教授更是处处难为长今,虽然长今表现优异,不过申教授对于长今始终不假辞色,申教授的考试等级分为五等,如果得到三个不通就会被淘汰,长今已经被申教授记了两个不通,万一这次的考试再不通过就必须要被淘汰……
第三十四集
长今与信非相互激励,努力学习,成为医女训练班的最优秀学生。张德远从济州来看长今,长今喜出望外,同时郑云白也带来一个坏消息:告知长今已经得到三个不通,显然不能留在宫廷做医女。原来是李教授公报私仇,故意刁难长今和信非。申教授虽然据理力争,却被李教授威胁,万不得已申教授决定让所有的医女训练生,不通过这次的考验,惹恼了督提调,督提调决定亲自来检定这批医女,意外发现长今等人非常杰出,长今终于如愿以偿进入内医院做医女,开始崭新的生活……
第三十五集
皇后娘娘突然有流产迹象,内医院召集所有相关人员开紧急会议,此时御膳厨房最高尚宫也进入内医院开会,长今和今英终于相遇。多年不见,竟然在这样的场合,并且各以不同的身分相见,两人难免震惊。当崔尚宫见到长今回到宫廷来,也忍不住惊讶与愤怒。内医正郑允寿居心不良请崔尚宫放心,并且答应崔尚宫尽快想办法将长今逐出宫廷。皇后娘娘身体一直没有好转,长今虽然对于内医院第一医女阿烈的诊脉持有不同的意见,但是只能在心中存疑不敢明说……
第三十六集
皇后娘娘自从小产之后,身体一直无法恢复健康。内医院诸位医官以及医女甚为忧心,却又苦无其它办法。此时,信非将长今与阿烈的诊脉结果并不相同的事实告知申主簿,申主簿大为惊讶,认为此事非同小可,内医院紧急开会并且决定由长今和阿烈重新再来诊断一次,阿烈认为皇后娘娘的脉象是牢脉,而长今则是把出散脉,散脉意谓皇后娘娘的腹中还有死胎,但是大家分明亲眼见到皇后娘娘已经产出死胎,万一娘娘腹中真有死胎,除非娘娘怀的是双胞胎,但是皇室内从未有过双胞胎前例,但是郑云白相信长今为皇后所把的脉,并且决定使用佛手散芎归汤,皇后娘娘终于产出另一个死胎恢复健康,众人对长今的把脉正确而另眼相看……
第三十七集
太后娘娘陈年老疾日益严重,此时又听信崔尚宫的谗言,不愿意接受申主簿的治疗,并且不假辞色斥责中宗退出太后殿。中宗与皇后为此烦忧不已……并且决定先罢除申主簿医官之职,以求太后息怒。如果太后还是不肯接受治疗,中宗甚至准备再设昭格署恢复功臣田,只求太后娘娘接受治疗。长今眼看申主簿即将被撤销官职,不顾性命危险,希望与太后娘娘对弈,以自己的性命作为赌注。太后对于长今的胆识与急智甚为慑服,决定给长今一次机会,但是当太后决定接受治疗时,却已错过最佳治疗时机,深受病痛之苦,连汤药都无法喝下,不但惊动宫廷,甚至中宗也闻风赶到太后殿……
第三十八集
皇后怀念过去长今所做荞麦年糕的美味…请长今再度展现手艺,长今满怀兴奋诚心准备。皇后娘娘吃到美味的荞麦年糕,心满意足称赞有加,今英看在眼里怀恨在心,因此吩咐阿烈必须要想法子将长今赶出宫外。此时,传来京城附近爆发疫病,中宗甚为震惊,派监赈御使以及医官和医女等人到疫区为百姓治病,长今被阿烈陷害被派至疫区,当疫区病情无法控制京城下令要封锁整个村子,阿烈又故意不告知长今,将长今与疫区村民一起封锁在村子里面,无法离开,长今万念俱灰……未料闵政浩发现长今没有及时到达集合地点,回到村子来找长今……
第三十九集
长今一个人被留在封锁的村庄里面。而当长今知道自己是被刻意遗弃在疫区,长今失望伤心,难掩悲痛。闵政浩除了安慰长今,同时打算带长今离开疫区,不过村内的百姓有些人病痛;还有些人是照顾病患的一般村民,长今又怎么忍心丢弃这些人独自离开?因此决心留在疫区照顾村民。闵政浩也快马加鞭到各处去找寻药材,甚至将张德带回疫区一起照顾疫区病患。长今发现菜园里面的蔬菜都腐烂,而且扩及各地,与张德讨论过后得到结论,百姓们并不是得了传染疫病,而是因为吃下病变的蔬菜引发的食物中毒,立即回宫禀报这件事实,崔尚宫却认为这只是长今与闵政浩搪塞延迟回宫的理由,并且决定亲自尝试食用腐烂的蔬菜,确认长今所言是否属实……
第四十集
闵政浩与长今因为没有在规定时间内到达集合地点受到处分,闵政浩被罢除官职,幸由一位隐居草野的官员详细写了一封文情并茂的上疏给中宗,中宗得知其中原委,立即召回闵政浩并且予以升迁,而长今也因闵政浩力保得以继续留在内医院。连生怀孕的消息传开,并被册封牒纸为从四品淑媛娘娘,而内医院指定由阿烈负责照顾连生,阿烈明知连生身体状况不适,有风热症状,却告知连生只是孕妇血虚症状,让连生吃下不该吃的食物,目的只是希望造成连生小产,幸好长今听连生诉说自己的病状时,再度替连生诊脉,查出原因告知申主簿,希望可以挽回连生肚子里的小孩……