第1集
「棺材仔」宋慈被村民视为不祥人,靠打更维生,好友查小灿送来红鸡蛋贺他三十岁生日,宋慈感动。翌日宋慈要求村长按乡例三十男丁分田两亩给他,材长指族谱上没有他的名字,不能分田。宋慈忿然告官,好友薛丹来作证人,可惜他非宋家族人且比宋慈年轻三年而无效,县官判宋慈败诉。
米店老板宋诚之子宋翊将回桃园镇出任知县,村长乘机讨好,并挖去宋慈母坟建迎官亭,宋慈怒找村长理论。二人纠缠间,小偷唐思来到找寻遗失的白玉兔,宋诚夫妇刚巧经过,误以为宋慈与唐思一起殴打村长。
其后村长被发现伏尸溪边,宋慈与唐思被控谋杀判斩首,二人押往大牢途中,宋慈被雷电击中身亡,送往义庄安葬。打理义庄的马贵发现宋慈未死,遂救醒他,又说村长并非被打死,宋慈请他帮忙,马贵拒绝并赶他走。突然马贵连声惨叫,宋慈见他头胪肿胀,马贵他去执药救治。马贵见宋慈救了自己一命,答应收留他,二人从村长脚上发现有个钉孔伤口,估计村长中毒而死,此时村长夫人来到,说要取回尸体。
第2集
村长夫人领回村长尸体安葬。薛丹和小灿到义庄拜祭宋慈,赫然发现他仍在生,欣喜若狂。宋慈悄悄割下村长脚底伤口皮肤,马贵指村长中了破伤风毒致死,薛丹提议待宋翊履任时拦途申冤。宋翊接到状词,询问捕头聂人龙意见,人龙指出疑点,二人遂跟踪薛丹到义庄,知宋慈未死。宋慈建议再验尸,宋翊接纳。宋翊到狱中向唐思问话,又说会为她翻案,唐思大喜。
宋慈与人龙合作扮鬼吓村长夫人,差点被聂枫搞砸。聂枫重遇儿时玩伴宋翊,但宋翊却似不认得她。宋翊往找村长夫人,夫人一听到宋慈名字即答应开棺验尸。聂枫在亡母坟前诉说因百变飞狐被格去女捕头一职,只好回来找父人龙。她途经义庄时见宋慈,揭穿他扮鬼,押他回衙门。
众人在村长坟前见到宋慈,均吓一跳,村长夫人恍然被宋慈及宋翊整蛊,反对开棺,宋翊坚持开棺,但看到村长尸体即一愕,原来村长尸体已化成白骨,无从验尸。宋慈再被收押候刑,唐思指宋翊骗她。聂枫自知害了宋慈,亲自送来最后晚餐,宋慈吃后双唇肿胀,马贵见状说若将村长骸骨蒸煮,可为宋慈翻案。
第3集
宋慈与唐思在狱中互诉辛酸身世,宋慈同情地说要娶她为妻,好让她在阴间有人照护,唐思心头一暖,与他就地拜堂。大刀快斩下的一刻,村长夫人大叫刀下留人,同意煮村长骸骨,以确定是否中毒,最后宋慈、唐思沉冤得雪。
宋慈的更夫工作丢了,惟有义务帮马贵工作,从中学习验尸。唐思与宋慈互相躲避对方,原来怕对方提起狱中拜堂一事,最后双方协议拜堂一事作废。唐思被赌场打手追债,连本带利共二百多两,唐思无计可施下偷了小灿妻宋玲身上银两,小灿追捕被她逃脱。
马贵有感宋慈对验尸有天分,婉拒宋翊邀请他当仵作后推荐宋慈担任,宋翊一怔。宋慈见工失败,沮丧不已,小灿安慰他。宋诚当上新村长,大派烧肉。宋翊见宋慈垂头经过,即当众宣布他是宋家子孙,可分烧肉及田地,又聘请他当仵作,宋慈感激不已。小灿到唐思家追讨银,发现她身上有一白玉兔,直指她是失散二十年的亲妹查小恩。此时赌场打手追来,唐思将错就错跟小灿回家。宋慈与老仵作进行验尸,老仵作指死者吊颈自杀并无可疑,宋慈不认同。
第4集
宋慈跟马贵研究尸体并认为死者并非自杀,宋翊即展开调查,聂枫助父人龙缉捕疑犯归案,死者沉冤终得昭雪。宋慈不忍唐思与小灿被贵利追斩,不惜用自己刚分得的土地替她还债。宋慈不知钱袋被人偷去,虽得唐思替他夺回,却被她揶揄一番。
村中首富蓝涛有女蓝彩蝶美貌出众但刁蛮任性,却深深吸引宋慈。彩蝶的丫环到酒家买酒时,突感不适倒地死去,仵作验尸后认定她死于风寒,宋慈却发现她有被鼠咬过的伤痕,认为她可能死于鼠疫,宋慈马上教村民消毒方法,更在蓝家发现蓝夫人可能已染鼠疫,及时救她一命。经鼠疫一事后村民对宋慈的态度大变,令宋慈初尝被人爱戴的滋味。
聂枫怕宋翊将自己被革职一事告诉人龙,为恳求宋翊帮助她,不惜归还儿时曾夺宋翊的玩物,令他啼笑皆非,更令人龙误会二人关系。彩蝶误以为宋慈是同性恋者,与表妹阿君打赌能令宋慈向她提亲,以证明自己美貌过人。彩蝶主动约会宋慈又表现出对他有意,令他信以为真,更提出要宋慈辞职,好让其父答允他的提亲。
第5集
宋翊买蟹回家,宋诚两夫妇感奇怪,因宋诚对蟹敏感,宋翊即表示蟹是送给聂枫的。薛丹、唐思及小灿均不同意宋慈为彩蝶而辞职,但他一意孤行向宋翊辞职。薛丹等人发现彩蝶说谎,正打算告诉宋慈时,他已当众向蓝涛提亲,彩蝶奸计得逞后,诈作不认识宋慈,还当众奚落他。
彩蝶与阿君到树林散步, 面人出现将阿君杀死又把彩蝶掳去,宋翊要宋慈复职替阿君验尸,但抵达凶案现场时,很多环境证据被村民搞乱了,宋翊便立例以后要将凶案现场封锁,以便查案,蓝涛认定宋慈求爱不遂而下毒手,幸得小灿和薛丹力证宋慈一直和他们一起,宋慈才避过嫌疑。
宋慈发现阿君应该是被柴刀劈死,便集中调查樵夫,不单没有发现,且令村民质疑宋翊查案能力。面人勒索蓝家三万,并要丫环小娟负责交赎金。宋慈再仔细验尸又做实验,知道凶手是武功高强的江湖人士。 面人杀了小娟并取得赎金后,正想杀彩蝶灭口,宋翊等人及时到来相救。人龙催促聂枫回郑州并在酒家替她饯行,聂枫有口难言,宋翊请她为捕头,聂枫感激不已。