第16集
慈听蔡公公的下属德安的口供，怀疑是翊揭发假太监的身份，于是和枫追问翊却被他洗脱开去，翊加深对慈的仇恨。慈验尸期间染上怪病，生命危在旦夕，幸得枫舍命照顾及无意间发现新治疗方法才得痊愈。如告诉思有关康妃把她配婚给蒙古王子，思及时向皇上表白阻止婚事。
龙对贞有意又不敢表白，经过慈和枫帮助，两人开始发展感情。蝶遭翊冷淡对待，慈从旁开解后决定做一个贤妻良母，但却受到镇上村民误会，以为蝶与慈有不寻常关系，翊误信传言更痛恨慈。思回来看见枫和慈的关系密切，非常伤心。
第17集
思对慈有情，而枫对慈则有义，令慈难于取舍，翊觉得思对自己仕途有帮助，藉著建陵墓令思对他印象大增。如和丹希望慈与思和好如初，便制造机会给他们，可惜因枫受伤令慈错过机会，思认为慈对枫比自己好，渐渐将感情倾向翊。蝶时常惹翊的不满，心情非常烦恼，慈安慰她却令灿误会二人有染。
真翊的救命恩人何大叔到访，令花对假翊进一步起疑心，从翊小时候曾染头痒的特徵，证明翊是假冒的，翊遂把花毒死，并毁灭现场证据，令众人以为花因病而死，而慈亦验不出花是中毒身亡。
第18集
诚无意中发现花致死的原因是中毒，慈展开调查之际，翊害怕被人发现罪证，便嫁祸蝶谋杀家姑，慈相信蝶是清白的，积极追查时，思则重提蝶曾戏弄慈一事，二人争持不下，关系进一步恶化。
何大叔尸体被发现，而接二连三的命案，令慈开始相信翊是假冒的，但诚不相信慈，而令翊对慈有了防范，翊决定陷害慈和蝶有染，并利用坊间传言，找来玲和灿做证人，慈百词莫辩，亦令灿和玲夫妻关系破裂。蝶发现有喜，翊乘机利用这机会证明慈和蝶通通奸。
第19集
宋翊发现鲁花开始对他生疑，向她下毒手。彩蝶找宋慈倾诉，因避雨上小艇共度一宵，翌晨二人离开艇时被小灿看见。彩蝶送早饭给鲁花吃时发现她已死去。宋慈替鲁花验尸，认为死于心绞痛并无可疑。宋诚回镇后知道鲁花已死非常伤心，欲替她重新画眉时，竟有所发现。
宋慈再替鲁花验尸及在衙门发掘新证据，终于在彩蝶房中发现重要证物，彩蝶顿成毒杀家姑嫌疑犯。宋慈在公堂上替彩蝶说话，又以官职逼使宋翊先将彩蝶收监。宋玲指宋慈对彩蝶余情未了，唐思扮作不理会。
唐思接受宋翊提议，劝宋慈为保清白不要插手彩蝶案件，但他坚决要找出事实真相。梅子林发现一具烧焦尸体，但镇上并无失踪人口，成为无头公案。聂枫与宋慈得到一些新发现但却未能破解玄机，便到蓝家找新证据，宋慈终于在冰窖内想通了鲁花尸身早腐之谜，并向聂枫透露可证明彩蝶有不在场证据。宋慈提出鲁花真实死亡时间，但宋翊以他多番更改验尸报告，又涉嫌与彩蝶有不寻常关系，要将此案交刑部处理。宋翊装成受害者，博取唐思同情。
第20集
唐思见宋翊不开心，连忙开解他。刑部下书革除宋慈官职并将他收监。聂枫求唐思救宋慈，唐思去信刑部要求释放宋慈，并以一个月为限要他找出真相。小灿、薛丹、聂枫等与宋慈在酒家研究案情，小灿说出曾协助鲁花认字，而贞娘又说曾见两个衣著不同的宋翊出现过，遂怀疑宋翊的身分。宋慈从一乞丐得到启示，便与聂枫到林中找寻焦尸的证据，果然有所发现。宋慈向宋诚讲解凶手杀鲁花的动机，劝宋诚验证宋翊的身分，可惜给宋翊抢先一步毁灭证据。
宋诚到米铺找宋慈晦气，认为他有心诬蔑宋翊。宋翊以彩蝶身怀孽种到米铺怒打宋慈，宋慈含冤莫辩。小灿从薛丹口中得知宋翊夫妇多月分房而睡，以为宋慈真的与彩蝶有染，聂枫见状责骂二人不信任宋慈。
人龙为著聂枫的将来著想要宋慈以后不要找她，宋慈伤心买醉，唐思见状责他咎由自取，而聂枫欲上前开解他时却遭拒绝。唐思知道宋翊与宋慈纠缠受伤未愈，茶饭不思，特别送上宫中美点劝他振作。彩蝶以割脉要胁见宋翊，宋翊无奈到监房见她，但却对她冷嘲热讽。
第21集（大结局）
彩蝶不堪刺激割脉自尽，幸聂枫及时救她。聂枫到义庄找宋慈，见他意志消沉，劝他不可放弃。唐思为开解宋翊，特地邀请他游湖、茗茶。宋慈想通一切并与聂枫研究药理图找新证据。宋诚试探宋翊后对他生疑，并到旧居回想往事，正欲移开天井花盆之际却遭宋翊下毒手，并将现场造成意外失火一般。宋慈循宋诚留下的线索，在天井下找到一具腐尸，相信这才是真的宋翊。宋慈欲以「滴血验骨法」验证宋翊身分，却失败，还被收押监房。宋翊告诉唐思不愿留在伤心地，唐思提议保荐他上京。
宋慈从聂枫所送之牛骨汤想出滴血验骨法失败原因。心如向薛丹表白爱意，更鼓励他再考取功名，薛丹信心大增。彩蝶听信宋翊之言，作假证供指宋慈为主谋，宋慈被判秋后处决。
众人冒险劫狱救宋慈，宋慈避至义庄，在米铺腐尸衫中发现新证据。宋慈为免连累众人，宁回狱中等候处决并著手编撰《洗冤录》流传后世。行刑当日，刽子手大刀一挥之时，远材出现......宋慈能否为自己平反？他在唐思及聂枫二人中如何取舍？收看洗冤录大结局自会真相大白。
